Para hacer efectiva la filosofía integradora y globalizadora que la inspira, la Ley establece la puesta en pie de un complejo entramado institucional.
En su Artículo 39 señala la conveniencia de disponer de un órgano coordinador, descrito así: "Para el asesoramiento al Gobierno Vasco en la definición de la política en materia de drogodependencias y para asistirle en su labor de coordinación y control de las actuaciones se creará un órgano de apoyo cuya estructura y funciones se establecerán reglamentariamente."
Esta es la función que desempeña la Secretaria de Drogodependencias, actualmente adscrita al Departamento de Justicia, Trabajo y Seguridad Social. No tiene por misión desarrollar intervenciones por sí misma, sino coordinar las actuaciones del resto de las instituciones y propiciar los oportunos compromisos técnicos y financieros, haciendo así bueno el abordaje intersectorial, transdisciplinar, transversal, que la prevención de las drogodependencias requiere.
Partiendo de la evidencia de que no cabe impulsar una política ante las drogas desde un único ámbito de intervención social (sanidad, bienestar social, o cualquier otro), la Ley establece en su Artículo 40 la creación de una Comisión Interdepartamental en la que estén representados los diferentes Departamentos del Gobierno Vasco con implicaciones en la materia: "Adscrita al Departamento en el que se encardine el órgano de asistencia y apoyo del artículo 39 de esta Ley, se crea la Comisión Interdepartamental de Drogodependencias como órgano de coordinación de las actuaciones del Gobierno Vasco en materia de drogodependencias.
Corresponderá a la Comisión Interdepartamental de Drogodependencias elaborar la propuesta el Plan de Drogodependencias regulado en el artículo 37.1 de esta Ley, y de los créditos necesarios para que los Departamentos del Gobierno Vasco, los organismos autónomos, entes públicos de Derecho privado y empresas públicas dependientes de los mismos puedan hacer frente a los compromisos que se establecen en la presente Ley".
Una política en materia de drogodependencias que se plantea desde sus primeras manifestaciones apostar por la prevención, necesariamente ha de propiciar el compromiso efectivo de la sociedad civil. Así es como la Ley recoge en su Artículo 41 la creación de un Consejo Asesor: "Adscrito Al Departamento en el que se incardine el órgano de asistencia y apoyo del artículo 39 de esta Ley, se crea el Consejo Asesor de Drogodependencias como órgano superior de participación de los sectores sociales implicados en la lucha contra las drogodependencias y de carácter consultivo y de asesoramiento respecto de proyectos de ley, reglamentos y planes en materia de drogodependencias".
Este Consejo Asesor funcionaen la práctica dividido en Pleno y en Comisiones Técnicas que hacen posible un trabajo operativo en los siguientes temas específicos: Prevención, Asistencia, Inserción y Coordinación.